空氣能熱泵熱水機組長期運行后，水側換熱器傳熱表面會沉積氧化鈣或其它礦物質，這些物質在傳熱表面結垢較多時，會影響傳熱性能而導致耗電增加、排氣壓力過高(或吸氣壓力過低)。

可采用甲酸、檸檬酸、醋酸等有機酸清洗。決不能用含氯酸或氟化物的清潔藥劑，因水側換熱器的材料是不銹鋼，容易被其腐蝕，導致冷媒泄漏。清洗除垢過程中注意以下幾個方面：

清潔水側換熱器須由專業人士進行。

在使用清潔藥劑后，用干凈水清潔水管以及熱交換器，進行水處理以水系統被腐蝕或清潔后水垢再吸附。

使用清潔藥劑的情況下，根據污垢沉積情況調節清潔藥劑的濃度、清潔時間和溫度。

在完成用酸洗清潔后，需對廢液進行中和處理，處理后的廢液需聯系有關公司進行廢液處理。

清潔藥劑和中和藥劑對眼睛、皮膚、鼻粘膜等有腐蝕作用，因此在清潔過程中須使用保護裝置(如護鏡、保護手套、保護面具、保護鞋等)以防止吸入或接觸藥劑。